O painel da NFE.io está recebendo uma nova interface e esta documentação está sendo atualizada junto. Alguns nomes de menus e telas podem estar diferentes do que você vê. Em caso de divergência, fale com o suporte.
Pagamento de Fatura Através da Conta NFE.io
Ao acessar a sua conta da NFE.io, clique em “Conta e cobrança” no rodapé do menu lateral. Você será redirecionado para o app de Conta (account.nfe.io).
Em seguida, no menu lateral do app de Conta, selecione a opção “Faturas”

Na próxima tela será possível visualizar todas as suas faturas pagas e pendentes de pagamento.
Ao final de cada linha terá um menu de opções representado por “3 pontos”. Deve-se selecioná-lo e em seguida escolher a opção “Pagar Agora”.

Feito estes passos será aberta uma nova guia no seu navegador com as informações relacionadas ao pagamento da fatura. E ao final da página constará o botão de “Pagar”

Ao selecionar a opção de Pagar será aberto um popup onde será possível escolher o melhor método de pagamento para você.
Veja aqui como alterar os meios de pagamento da sua conta.
Em seguida é só prosseguir com a opção mais adequada e finalizar o pagamento.